Anggota Komisi II DPR dari Fraksi PDIP, Bob Sitepu, mengekspresikan protesnya terhadap penunjukan Agus Fatoni sebagai Penjabat (Pj) Gubernur Papua yang baru menggantikan Mayjen TNI (Purn) Ramses Aburaksa Limbong. Bob menyampaikan protesnya dalam rapat Komisi II DPR yang juga dihadiri oleh Wakil Menteri dalam Negeri, Ribka Haluk. Dalam rapat tersebut, Bob mempertanyakan penunjukan Fatoni yang dilakukan hanya sebulan sebelum pelaksanaan Pemilihan Suara Ulang (PSU) Pilkada di Papua.
Politikus PDIP, Bob, menekankan bahwa penunjukan Fatoni setidaknya sebulan sebelum PSU Pilkada di Papua menimbulkan keraguan dan pertanyaan. Ia berharap agar PSU pada bulan Agustus mendatang di Papua dan daerah lain dapat berjalan lancar tanpa intervensi dari pihak manapun termasuk pemerintah. Sementara itu, Ribka Haluk menegaskan bahwa penunjukan Fatoni tidak melibatkan intervensi dari pihak lain dan semata-mata dilakukan karena kebutuhan daerah. Fatoni dipilih karena kemampuannya di bidang keuangan yang dibutuhkan untuk mengatasi masalah keuangan di Papua menjelang pilkada. Meski demikian, Bob masih meragukan penjelasan Ribka Haluk, mengingat bahwa beberapa daerah otonomi lain menghadapi masalah yang sama namun tidak mendapatkan pendampingan khusus dari Kemendagri.
Pada tanggal 7 Juli, Menteri Dalam Negeri (Mendagri) Tito Karnavian resmi melantik Agus Fatoni sebagai Penjabat (Pj) Gubernur Papua menggantikan Mayjen TNI (Purn) Ramses Aburaksa Limbong. Pengangkatan Fatoni didasari oleh Keputusan Presiden Nomor 65/P Tahun 2025 tentang Pemberhentian Dan Pengangkatan Penjabat (Pj) Gubernur Papua. Dengan latar belakang sebagai Direktur Jenderal Bina Keuangan Daerah Kemendagri, Fatoni memiliki rekam jejak sebagai pejabat pertama yang menjabat Pj Gubernur di empat provinsi strategis di Indonesia.
