Pemerintah akan menyatukan pengelolaan pelaksanaan karantina dalam satu wadah bernama Badan Karantina Indonesia yang bertujuan untuk menyatukan fungsi tindakan karantina yang sebelumnya dilakukan secara terpisah, seperti karantina ikan di Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP). Hal ini tertuang dalam UU Nomor 21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan yang ditindaklanjuti Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2023 tentang Badan Karantina Indonesia.
KKP saat ini sedang menyusun rancangan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan tentang Pengendalian Pelaksanaan Sistem Jaminan Mutu dan Keamanan Hasil Kelautan dan Perikanan. Akan tetapi, fungsi jaminan mutu hasil perikanan tetap berada di KKP.
Kegiatan usaha pembudidayaan, penangkapan, penanganan, pengolahan, pengemasan, penyimpanan, dan pendistribusian hasil perikanan wajib menerapkan sistem jaminan mutu dan keamanan hasil perikanan. Selain itu, penerapan sistem jaminan mutu dan keamanan hasil perikanan oleh pelaku usaha juga melalui pembinaan oleh Direktorat Jenderal Teknis di KKP.
Badan baru yang disebut BPPMHKP bertugas untuk menyelenggarakan pengendalian dan pengawasan mutu dan keamanan hasil kelautan dan perikanan. Menteri Kelautan dan Perikanan Sakti Wahyu Trenggono memberikan mandat kepada BPPMHKP untuk menjadi Otoritas Kompeten yang dapat menjamin mutu dan keamanan hasil kelautan dan perikanan.
Mekanisme pengendalian pelaksanaan sistem jaminan mutu dan keamanan hasil kelautan dan perikanan akan diatur didalam Rancangan Peraturan Menteri, yang akan dikonsultasikan secara publik.
