Presiden Indonesia kelima, Megawati Soekarnoputri, mengungkapkan belasungkawa atas meninggalnya Pemimpin Tertinggi Iran, Ayatollah Ali Khamenei, dalam serangan gabungan AS-Israel pada 28 Februari. Surat duka Megawati disampaikan oleh beberapa pengurus pusat partainya, dipimpin oleh Sekjen PDIP Hasto Kristiyanto, kepada Duta Besar Iran, Mohammad Boroujerdi di Kedubes Iran, Jakarta. Dalam suratnya, Megawati terkejut dan turut berduka cita atas kepergian Khamenei yang menjadi korban serangan tak terduga dari AS dan Israel.
Megawati mengekspresikan simpati dan solidaritas dari dirinya, keluarga Bung Karno, serta rakyat Indonesia yang mendukung perdamaian, keadilan, dan kedaulatan negara merdeka untuk keluarga, pemerintah, dan warga Iran. Dia menyoroti hubungan Khamenei dengan perjuangan Sukarno, mengatakan bahwa Khamenei memandang Sukarno sebagai inspirasi dan menggunakan Pancasila serta Dasa Sila Bandung sebagai panduan dalam membangun persatuan antara agama, kebangsaan, dan keadilan sosial di Iran.
Mega juga menyoroti ikatan sejarah antara Indonesia dan Iran serta persamaan perjuangan mereka melawan penjajahan. Dia menyampaikan bahwa masyarakat Indonesia menentang agresi militer AS dan Israel yang dianggap melanggar kedaulatan negara, dan meyakini bahwa dialog, perundingan yang adil, dan penghormatan terhadap hukum internasional adalah jalan terbaik untuk menyelesaikan konflik. Megawati juga mengingat kunjungannya ke Teheran pada 2004, saat dia bertemu dengan Ayatullah Ali Khamenei, dan merasakan sambutan hangat serta kebijaksanaan pemimpin Iran pada saat itu.
